索更好的人痘法，卫信南的札记相当于又拓了一条路，之后，青谷的痘疫大夫便分成两组，一组继续研究改良人痘法，一组则试验畜痘法，包括牛痘、猪痘、羊痘。

经对十余年的不断试验和改良，青谷人痘组制定了水苗法，比起以前的人痘法更容易出痘，而且痘苗采用连续接种七次后精练出来的“苗性和平”的“熟苗”作疫苗，这种痘疫苗毒性已减，接种后比较安全；即便种痘后还是染疫，病情也比不接种减轻得多，不至于产生危重的病情。

而畜痘组最终试验确定的牛痘法与水苗法相比，种痘成功率略低，但牛痘种痘后的安全性更高，而且种痘后不会传染，但是也有弊端，就是痘种难得——耕牛得牛痘症的很少。青谷牛痘组为了研究此法，专门辟地雇农夫养了一群产奶的母牛，让其得牛痘传染，以便提取痘种。

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